La historia de Tocoa se remonta a la época precolombina, cuando la región del valle del Aguán estaba habitada por pueblos indígenas autóctonos (principalmente de filiación pech y jicaque/tolupán) que aprovechaban la fertilidad de sus tierras y la riqueza de sus ríos. Con la llegada de los colonizadores españoles en el siglo XVI, la zona comenzó un lento proceso de evangelización y asentamiento rural; de hecho, el nombre «Tocoa» proviene del náhuatl Tocoani, que significa «lugar de cultivo» o «tierra de sembradíos». Durante la época colonial y la mayor parte del siglo XIX, Tocoa permaneció como una aldea pequeña y apartada del departamento de Colón, dedicada casi exclusivamente a la agricultura de subsistencia y a la ganadería extensiva.
