La historia de Santa Fe (Colón) está estrechamente ligada al asentamiento de la cultura garífuna en la costa caribeña de Honduras a finales del siglo XVIII. Tras la llegada de los garífunas a Trujillo en 1797, varias familias migraron hacia el oeste bordando la bahía en busca de tierras fértiles y playas protegidas para establecer sus poblados pesqueros y agrícolas, dando origen a comunidades ancestrales como Santa Fe, San Antonio y Guadalupe. Durante el siglo XIX, el poblado funcionó como aldea dependiente del municipio de Trujillo, viviendo principalmente de la pesca artesanal, la agricultura en pequeña escala (yuca, plátano, coco) y la preservación de sus tradiciones culturales y lingüísticas.
El municipio fue creado oficialmente el 20 de mayo de 1881, consolidándose como una entidad territorial propia dentro del departamento de Colón. Su proximidad a Trujillo y su franja costera lo transformaron con el paso de los años en un referente de la identidad Garífuna, destacando por su gastronomía típica, sus danzas tradicionales como la Parranda y el Yancunú, y sus playas serenas. Hoy en día, Santa Fe preserva su patrimonio cultural ancestral mientras se posiciona como un destino de turismo comunitario y costero en la bahía de Trujillo.